Definición de cuáles son las especies y los lugares prioritarios de recolección a partir de listas rojas actualizadas y de las propias bases de datos del JBS. Se da preferencia a aquellas especies que estén en peligro de extinción y a las que habitan en localidades donde peligra su conservación: zonas urbanizables, playas con gran presión turística, zonas potenciales de incendios forestales, etc.

Determinación de la estrategia de muestreo para conseguir la máxima variabilidad y no dañar la población. Es recomendable no sobrepasar el 10% de la producción total anual de cada población, recolectando el mismo número de semillas de cada individuo. Las semillas recolectadas deben ser maduras para que puedan tolerar el proceso de conservación sin perder viabilidad.

Documentación de la recolecta con la fecha de recolección, nombre de la especie, recolector, hábitat, número de ejemplares que componen la muestra, localidad exacta con coordenadas UTM y altitud (m), fotografías y muestras de herbario.

Registro en la base de datos. Este código se mantendrá durante todo el proceso de conservación.

En los casos en los que la muestra no ha sido suficiente (menos de 1000 semillas), el número de semillas iniciales se verá incrementado con las obtenidas por multiplicación controlada en los viveros del JBS. La limpieza consiste en eliminar cualquier residuo del fruto que pueda contaminar la muestra. El recuento de semillas se realiza extrapolando el número de semillas de una muestra de la que se conoce su volumen o peso.

Antes de conservar las muestras de forma definitiva, conviene verificar su viabilidad. Si esta es inferior al 80%, se programará una segunda recolección para el próximo año.

La deshidratación consiste en reducir el contenido de humedad de las semillas a un nivel mínimo de actividad metabólica, sin que estas pierdan viabilidad.

Se realiza manteniendo las semillas en una cámara hermética donde se mantiene una humedad relativa entre el 3 y el 7% gracias a la acción del gel de sílice que absorbe la restante. Según la ley de Harrington, por cada 1% que se reduce el contenido de humedad de la semilla, se duplica su longevidad.

La Colección Base es la que conserva las semillas a largo termino.

Las semillas se mantienen a un 3-7% de humedad a temperatura -20ºC. Según la ley de Harrington, por cada 5ºC que se rebaja la temperatura de almacenaje, se consigue duplicar la longevidad de las semillas

La Colección activa es la que se utiliza para mantener intercambios con otras instituciones y para la propagación de las especies destinadas a las colecciones de planta viva del JBS.

Esta colección se mantiene a un 3-7% de humedad y a una temperatura de -10ºC