Els inicis de la Societat d’Amics del Museu Balear de Ciències Naturals i del Jardí Botànic de Sóller es remunten a l’any 1980, quan un grup de persones de Sóller es proposaren impulsar a la ciutat un museu d’història natural on preservar i exhibir, principalment, els llegats de naturalistes locals de prestigi internacional, com eren Guillem Colom Casasnovas i Joan Bauzà Rullan.
Amb aquest objectiu, l’any 1981 es va constituir formalment l’associació Museu Balear de Ciències Naturals. Els socis fundadors foren: Mateu Cifre Magro, Joan Arbona Mas, Lluc Garcia Socias, Carles Constantino Mas, Isabel Morell González, Andreu Arbona Pizà, Joan Estades Ensenyat i Joan Trias Castell. Carles Constantino va presidir la primera junta directiva. Poc després, es van sumar a la junta Jeroni Orell Casasnovas i Josep Lluis Gradaille Tortella, que animaren a ampliar els objectius envers la creació d’un jardí botànic dedicat a la flora endèmica balear.
La redacció dels estatuts es va dur a terme en els mesos posteriors i, el 29 d’octubre de 1981, l’associació Museu Balear de Ciències Naturals va ser legalment registrada com a associació cultural (actualment d’àmbit autonòmic de la comunitat autònoma de les Illes Balears).
Des del primer dia de la seva creació, l’associació treballà intensament per aconseguir els objectius: adquirir una seu per al museu i el jardí botànic; equipar-lo; allotjar-hi les col·leccions d’Història Natural esmentades i formar noves col·leccions i obrir-lo al públic i a la comunitat científica i educativa. De forma molt resumida, les principals fites assolides foren les següents:
1984
Les negociacions de l’associació amb l’entitat Sa Nostra per a la compra de la finca del Camp d’en Prohom fructifiquen en l’adquisició per part del Municipi de l’actual edifici del museu i de la major part dels terrenys del jardí botànic, amb el compromís de destinar-ho exclusivament a aquesta finalitat científico-cultural. Poc després se signa un conveni de col·laboració amb l’Ajuntament de Sóller mitjançant el qual l’associació es fa càrrec de la gestió del museu i del jardí botànic.
1992
S’inaugura i obri al públic del museu de ciències naturals i la primera fase del jardí botànic.
1997
S’impulsa la Fundació Jardí Botànic de Sóller, amb la finalitat d’ampliar i gestionar del jardí botànic com a entitat jurídicament independent del museu, a fi de poder augmentar les aportacions externes públiques i privades, ampliar l’espai del jardí i crear un Institut Botànic. L’associació fa una important aportació fundacional i n’esdevé membre del Patronat amb dos representants.
2019
El Consell de Mallorca proposa la reunificació del museu i del jardí per tal que les dues seccions siguin gestionades per la Fundació Jardí Botànic de Sóller, que canviarà la seva denominació oficial per incloure també la del museu. L’associació deixa de gestionar directament el museu, però segueix formant part del Patronat i es converteix en una entitat de suport social a la institució.
2023
En acord adoptat per l’Assemblea General, s’aprovà el canvi de denominació oficial de l’associació, que passà a ser Societat d’Amics del Museu Balear de Ciències Naturals i del Jardí Botànic de Sóller.