El MUCBO | Museu de Ciències Naturals allotja tres biblioteques diferents. La biblioteca Guillem Colom, situada a la planta baixa, conté una gran quantitat de llibres i revistes científiques especialitzades principalment en geologia i paleontologia. La biblioteca Joan Bauçà es troba al primer pis del museu, i conté una gran quantitat d’obres científiques especialitzades en paleontologia, i també d’altres sobre geologia i arqueologia. Finalment, la biblioteca general, més recent, es compon de diversos llibres, revistes i tesis sobre diferents branques de les ciències naturals. També s’allotgen al museu els arxius de Guillem Colom i Bartomeu Darder, amb correspondència, llibretes de camp originals, dibuixos, etc.
